Zaburzenia przemiany materii
Nie ulega wątpliwości, że najwięcej szkód w ogrodnictwie powstaje na skutek zaburzeń procesów życiowych w glebie i roślinie powodowanych przez czynniki abiotyczne, jak pogoda czy tzw. niewłaściwa struktura gleby. I tak na przykład upały wpływają na więdnięcie roślin, co hamuje lub utrudnia przepływ soków i przyczynia się do przedwczesnego dojrzewania owoców, przed osiągnięciem przez nie pełnej wartości konsumpcyjnej. Niedobór światła i ciepła,
podobnie jak i nadmiar, jest przyczyną zaburzeń we wzroście roślin. Przy nadmiernym nasłonecznieniu zmienia się kąt ustawienia liści, które przybierają czerwonawą barwę ochronną. Takie objawy występują także w zbyt niskiej temperaturze. Wspólną cechą tych czynników jest ich negatywny wpływ na wzrost roślin. Nadmiar wody w glebie sprawia, że korzeniom i organizmom glebowym brakuje powietrza. Efektem tego jest zahamowanie procesu rozkładu materii organicznej oraz także zahamowanie wzrostu roślin. Rośliny rosnące w takich warunkach są małe i chlorotyczne.
Chlorozy (żółte przebarwienia części zielonych) są też oznaką niedoborów niektórych składników, głównie azotu. Niedobór magnezu objawia się żółtymi plamami pomiędzy nerwami liści, a żelaza — plamami na całej powierzchni liści, które potem bieleją. Można stwierdzić, że tzw. choroby roślin są funkcją lub wynikiem zakłóceń w żywym kompleksie: gleba—roślina. Szkody wynikające z różnorakich zaburzeń w przemianie materii można usunąć uprawiając właściwie glebę.
Natomiast rozwój grzybów i owadów zależy przede wszystkim od pogody.